年9月9日，昆明全城戒严，毛人凤亲自坐镇，指示徐远举、沈醉等人在昆明实施“整肃”，解散了云南省参议会，查封了进步报馆和广播电台，封闭了全部大中学校，逮捕了杨青田等社会进步人士、职工、学生余人，与此同时，国民*西南**长官公署参谋长萧毅肃到昆明部署国民**对云南边纵发动“清剿”。
云南省主席卢汉在这场“九九整肃”中，究竟扮演怎么的角色？他是真的要整肃，还是在蒋介石、毛人凤等人的逼迫下，不得已做一做姿态呢？9月中旬，边纵副*委郑敦向卢汉的代表指出：卢汉背弃向愿意靠拢人民的诺言，进行“整肃”是十分错误的，必须悬崖勒马，保证全部被捕人员的安全，到适当时机要全部释放，要有靠拢人民的实际行动。
卢汉确实有苦衷，当时起义时机并不成熟，“九九整肃”是蒋介石直接下达的命令，尽管实际指挥者是保密局长毛人凤及特务头子徐远举等人，但是卢汉是云南省主席、绥靖公署主任，所以一切的指令都是以卢汉的名义发出的。不过，虽然“九九整肃”抓了不少人，但是毛人凤想处决一大批人的报告被卢汉强行压住，不予批准。
了解到“九九整肃”的内情后，上级指示云南地下*、边纵：蒋介石为达到完全控制云南的目的还会步步进逼，但蒋卢之间的矛盾不可能消失，到解放*接近云南并在进步分子的影响下，卢汉仍有靠拢人民的可能，因而要继续加强对卢汉的统战工作。
10月初，卢汉将云南保安部队扩编为第74、93*，分别以余建勋、龙泽汇为*长，并将龙泽汇的第93*布置于昆明，余建勋的第74*布置于滇西。
对于卢汉大张旗鼓地扩充*队，蒋介石总是放心不下。为了确保“后方”的安全，10月下旬，国民*国防部决定：将驻云南的中央*第26*扩编为第9兵团，由余程万任兵团司令；命李弥的第8*由四川调人云南，扩编为第13兵团；同时，还准备将胡宗南部的两个兵团经西康调人云南。
11月中旬，蒋介石所谓的“西南防线”在解放*的攻击下土崩瓦解，蒋介石准备将其国防部直属单位和西南**长官公署撤往云南，他先是派出肖毅肃前往昆明与卢汉协商，后又数次派张群来昆明和卢汉商谈。卢汉借故婉言拒绝，他同蒋介石的矛盾逐步激化。在蒋介石的授意下，毛人凤向云南站站长沈醉下达了命令，准备在卢汉一旦有“异动”的情况下，对其采取断然措施。为此，沈醉精心做好了刺杀卢汉的一切准备工作。
从11月中旬起，卢汉以养病的名义宣布休息半个月，暗中加紧筹划起义事宜。他指示全部释放在“九九整肃”中被捕的人员，并通过杨青田找到昆明地下*，表示决心起义，要求配合。11月下旬，卢汉令滇*第93*集结昆明，第74*由滇西撤至楚雄、禄丰一带，基本完成*事部署。12月2日，卢汉下令昆明戒严，基本控制了整个昆明的形势。12月5日，卢汉派周体仁取道香港前往广州，就起义问题同华南局进行最后的联系。
12月6日晚11时，卢汉在公馆里召开紧急会议，商量起义的具体步骤。参加会议的有：第93**长龙泽汇、昆明警备司令解晓清、省*府秘书长杨适生等人。会议上，卢汉正式宣布了起义的决定。
卢汉激动地说：“目前，云南和我们的前途命运都到了一个关键时刻。我决心已下，不惜一切宣布起义。现在，时机紧急，解放大*离我们还有一段距离。但是，如果等解放*进至威宁。盘县一带再起义，恐怕就没有价值了。”
几个人听了卢汉的肺腑之言后，心情都十分激动。眼下，虽然还有一定的困难，大家都决心义无反顾地干！当夜，卢汉等人紧急磋商，决心采用一切手段将驻扎在滇西保山大理一带的滇*调往昆明。
9日，蒋介石再次派张群赴昆明部署将其国防部、陆*总部等,机关迁入昆明的事宜。卢汉决定立即起义，乘机将张群软禁，并借张群的名义召开**首脑会议名义，通知第8*长李弥、第26**长余程万、宪兵副司令兼西南区指挥官李楚藩、空*第8路*副司令沈延世、师长石补天及云南站站长沈醉等人到卢公馆开会。
当晚9时，余程万、李弥、沈醉等人均按时到会，他们一直等到9点半，仍不见卢汉到会。与会者等得不耐烦了，都不断地看看手表，又看看门，始终未见召集人的影子。石补天站起来正想到外面看看动静。警卫营长龙云青带着十几个卫兵大走了进来，大声说：“举起手来，不准动！”
这一干人大都吓得目瞪口呆，手足失措，举起手来，服从缴械。只有李弥不甘屈服，质问：“这是搞什么名堂？”龙云青反问他：“你还不知道？今晚云南宣布起义！”就这样，“这些人被分批押上汽车，押解到五华山光复楼。
同时，感觉不妙的张群正在卢公馆向成都打长途电话，但电话线早被切断了，摇不通。焦急之时，两个警卫突然闯进门来，对他进行了搜查，并告诉他云南已经起义了。这个消息使张群惊慌失态，顿时软瘫在沙发上。当晚10时，卢汉正式通电宣布起义。