年9月27日，王叔铭秘密前往昆明，抵达昆明后拜见了时任昆明防守总司令的杜聿明。两人见面后，王叔铭从公文包内取出一封蒋介石写给杜聿明的密信，亲手交到了杜聿明的手中。
若非事关重大，蒋介石定然不会写亲笔信，又派王叔铭亲自亲来送信。杜聿明小心地打开密信，独自一人阅读了信件内容。蒋介石在信中告诉杜聿明，免除龙云在云南军政本兼各职的命令，即将在内日颁布，命杜聿明做好应对一切局面的准备。
在亲笔信中，蒋介石还对此事着重强调了两点。其一，蒋介石虽然要剥夺龙云在云南的军政大权，但名义上是要调任他为军事参议院院长，所以，杜聿明要绝对保证，行动不能危害到他的生命安全；其二，如果在调任命令颁布以后，龙云抗命不从，甚至企图以武力抗命，杜聿明可调集飞机、大炮对龙云所在的五华山进行轰击。
蒋介石办事一向在乎自己的面子，如果他通过杀人的方式来夺权，面子上不好看。所以，他希望杜聿明最好能不用一枪一弹就办妥此事，并保全龙云的生命。如此一来，既能达成目的，又能维护颜面。杜聿明对蒋介石的为人很是了解，自然能够想到这一层，但蒋介石强调的第二点，可以动用飞机、大炮轰击龙云，这样的命令让杜聿明犯了难，因为蒋介石的这两个命令显然是冲突的，如果他用飞机、大炮轰炸龙云，又如何绝对保证保全龙云的生命安全，这不是自相矛盾吗？
杜聿明调任昆明任防守总司令以来，龙云一直待他不薄，两人的私交很好。即便没有蒋介石的亲笔信，杜聿明在采取行动的时候，也不愿意伤害龙云的生命，这一项任务很好达成。但枪炮无眼，如果动用飞机、大炮轰炸五华山，龙云一旦被炸死，蒋介石又有“保证龙云生命安全”的亲笔信在先，到时候杜聿明自然会被来自各方的舆论推到风口浪尖。
于是，杜聿明片刻不敢耽搁，连夜给蒋介石写了一封信。在信中，杜聿明陈述了昆明当前的形势都在自己的掌控之中，龙云目前对自己的行动计划毫不知情，并劝告蒋介石不要动用飞机、大炮去轰他，因为这样的做法很容易波及波及西南联大和云南大学，万一激起学潮，影响就太坏了。仅仅过了一天时间，杜聿明就接到了蒋介石的复信，信中内容让杜聿明长舒一口气，蒋介石总算是答应他不必使用飞机、大炮轰炸龙云了。
龙云号称“云南王”，主政云南20余载，在云南的影响力极大。年，日本侵略者刚刚投降，蒋介石为何甘愿冒着巨大风险也要在此时去调动龙云呢？其实，蒋介石此举并非临时起意，他想剪除龙云的心思早就存在了，原因也很简单，龙云与蒋介石根本就不是一路人。
龙云是彝族人，性格耿直，在关键时刻会以国家利益为重，这一点与蒋介石有很大区别。早在年，当时的龙云刚刚从云南陆军讲武堂毕业。一个法国大力士来到云南陆军讲武堂设下擂台，声称自己要在这里摆擂三天，如果没人可以将其击败，他就要在昆明设武馆，如果三天内谁能够打败他，自己离开昆明，从此不踏入昆明半步。
这个法国大力士的举动，类似于中国武行开设武馆前的规矩，一个练家子要到一个地方开馆收徒，需要得到当地武行的人认可。但这位法国大力士明显有耀武扬威之意，因为他真想在昆明开设武馆，可以找当地的武行切磋，擂台也没有必要摆到云南陆军讲武堂的门前，这样的做法明显是想让云南陆军讲武堂难堪。
法国大力士的做法虽然引来很多人的不满，但这个法国大力士身高体壮，又具有一定的格斗技巧，一般人甚至都没能近身就被击败了。时间转眼来到第三天，此时登上擂台挑战的人已经寥寥无几，就在大家感觉无人能击败法国大力士的时候，一名军人边脱军装边走上擂台，台下观众为他的勇敢欢呼，但对他能打赢大力士却并不抱太大希望。因为这名军人的头部仅仅到大力士的腋下，他的体型又偏瘦，不像是可以战胜大力士的样子。
大力士与军人交手后，军人并没有落败，反而逼得大力士叫了暂停。他认为军人的衣服内藏有铁器，否则交手的时候自己不会那么疼。军人为了证明清白，当众脱了衬衫，又让人搜了身，证明自己没有随身携带铁器。法国大力士之所以会有这样的想法，是因为军人的身体太过坚硬，打到他身体的时候有种被金属击中的感觉。
军人的能力虽然很强，却没能一举击败法国大力士，因为大力士的臂膀很长，军人的拳头无法攻击到他的要害，两人因此一直处于僵持状态。不过，军人很快就找到了突破口，他不再执著于攻击对方的要害，转而将大力士的两条宽大臂膀当成攻击目标。这样的改变很快奏效，法国大力士在军人的不断打击下，逐渐不支，甚至抬起双臂都十分困难。迫于无奈，法国大力士只好低头认输，收起擂台离开昆明。在场的观众看到这名军人战胜了法国大力士后，无不欢呼雀跃，向军人表示祝贺，这名军人便是龙云。
龙云在面对外敌的时候，一生都保持着年轻时的爱国精神。年10月，在蒋介石的“围剿”下，红军被迫开始了艰苦卓绝的长征之旅。中央红军和红二方面军在长征途中，先后路过云南境内，红军指挥官罗炳辉与龙云是旧交，曾写信给龙云，表明红军不会攻打昆明，让其安心。龙云亦表示，自己不会对红军采取军事行动。
在此之前，蒋介石早就对龙云下令，命他查捕失散受伤的红军，但龙云并未执行命令，只是摆摆样子应付蒋介石。蒋介石让龙云进攻红军有两个意图，一来想消灭红军，二来想借此机会削减龙云的实力。蒋介石的想法，龙云心里很清楚，鉴于这种情况，龙云出于自保和支持红军北上抗日的想法，采取了“尾追送客”的策略，既不违背蒋介石的命令，又保存了自己的实力，同时又不影响红军北上抗日，可谓是一举三得。
除此以外，龙云还故意将薛岳的云南军用地图泄露给红军，并将一些药品、食品等物资故意让我军截获，暗中帮助红军。年，全面抗战爆发以后，爱国志士纷纷高举抗日大旗。在此期间，龙云对共产党的抗日思想极为认同，与朱德、周恩来、叶剑英一见如故。
朱德与龙云商谈抗日时，两人决定以后用无线电发报进行联系，为了保密，他们决定专门制定一份密码本。朱德的意思是，让自己的秘书与龙云的秘书一起商量完成，但龙云果断地表示，自己相信共产党，自己的秘书也不懂如何编密码本，由朱德的秘书编好给他一份即可。两人在谈话过程中，朱德曾直截了当地问龙云，云南抗日是否能出兵二三十万人？龙云当时没有给出肯定答复，称要根据未来局势来定。
龙云主政云南，他的武装力量是他能够称霸一方的资本，也是他在蒋介石面前保留话语权的资本，他如果出兵抗日，就会让蒋介石达到削弱云南军事实力的目的。这一点，龙云十分清楚。但龙云没有立即给朱德肯定的答复，并非是想敷衍朱德，反而是对自己的话负责任的表现。
日后，龙云不仅组织了20万滇军参加抗战，还动用大量的人力物力修建了滇缅公路。笔者为何要将这两件事相提并论呢？因为这条滇缅公路对抗日战争来讲有非常重要的意义，成为当时国际援华的一个大通道。滇缅公路如同一条粗壮的血管，援助物资通过这条“血管”源源不断地输入到抗日战场上。因此，滇缅公路也被称为“抗日输血管”。
龙云此举，对于全国的抗日局势而言，提供了极大的帮助，也充分体现了他的爱国精神。但对于他自身的实力而言，却是有一定的损伤，在对抗蒋介石的时候，减弱自己的话语权。龙云在国家面临危难之时，与蒋介石的选择截然不同，两者之间也因此产生了无法逾越的鸿沟。蒋介石希望他能利用云南的武装力量帮助他一起进攻红军，但龙云以国家利益为重，不仅没有帮助蒋介石完成私愿，反而将云南发展成当时的“民主堡垒”，这也让龙云与蒋介石之间产生了不可调和的矛盾。
年12月，太平洋战争爆发，滇西边境也受到战争的威胁。蒋介石决定出访印度，加强与英方的联系。年1月下旬，蒋介石和宋美龄在前往印度前，由重庆飞抵昆明，蒋介石想在出国前获得几天清闲，只通知少数人前来接机。龙云作为云南省政府主席，将蒋介石与宋美龄安排到了昆明西郊的灵源别墅。
这个灵源别墅，距离机场不远，环境宜人，是龙云特意为蒋介石选的住处。但蒋介石对此却并不买账，入住后连夜给王叔铭拨打了三通电话，他要换住处！不仅如此，蒋介石还在次日清晨命令宋希濂带一个营的兵力到安宁温泉负责他的安全，并通知龙云，自己搬到安宁温泉去住了。
众人对蒋介石此举都是一头雾水，不明白蒋介石为何突然改变住处，后来宋希濂才弄明白。原来，西安事变给蒋介石造成了心理阴影，当夜色降临时，住在灵源别墅的蒋介石“触景生情”，心中不安，所以才将住处改到安宁温泉。宋希濂也是在此事过去了20余年后，才在一篇回忆录里写出了蒋介石搬往安宁温泉的真正原因。但从蒋介石调兵保护自己的情况来看，他更换住处的原因，还夹杂着对龙云的不信任，因为当时负责灵源别墅安全的是龙云安排的警卫。
此时，蒋介石其实就已经有了剪除龙云的想法，他离开重庆时，甚至向嫡系部队下达了备战的命令，只不过碍于当时的局势，没有立即动手。一直等到年8月，杜聿明率中国远征军在外征战归来，蒋介石终于有了办理此事的合适人选，将杜聿明任命为昆明防守总司令，借此将杜聿明安插到昆明，以备未来剪除龙云时发挥作用。
想要干好昆明防守总司令，就一定要和龙云处好关系，如果得不到龙云的支持，这个昆明防守总司令根本干不下去。杜聿明到任后，立即就意识到了这个问题，为了能够生存下去，杜聿明在昆明主动放低了身段，与龙云相处时言听计从，从不擅做主张，逐渐取得了龙云的信任。对待昆明的其他官员，杜聿明也从不怠慢，不管谁向他发出宴会的邀请，他全都会准时到场。杜聿明凭借自己能力，与龙云的关系越来越亲密，在昆明彻底站稳了脚跟。但杜聿明的心里，却一直没忘记蒋介石交给他的任务，他借着自己的职权，逐渐摸清了龙云在昆明的兵力和布防。
年，抗日战争的胜利形势越来越明显，蒋介石没有将心思重点放在给日寇最后一击上，反而开始研究起如何解决龙云的问题，毕竟，这块“心病”由来已久，此时时机已经成熟。杜聿明接蒋介石密电，动身前往重庆，蒋介石面授机宜，命其暗中进行准备工作，尤其是军事部署一定要稳妥，防止龙云外逃。蒋介石“解决”龙云的方式并不新鲜，他打算以一纸调令让龙云离开云南，从而免除龙云在云南军政本兼各职，再由自己的心腹控制云南军政大权。从蒋介石对杜聿明的安排来看，他本人认为龙云必然不会接受命令，所以才让杜聿明暗中进行布置。
杜聿明此时已经调任昆明三年时间，取得了龙云的信任，对昆明的防务也十分了解。杜聿明对此事极具信心，重返昆明后便开始着手准备。年8月11日，日本侵略者投降在即，杜聿明亲自对排以上军官进行沙盘演练，谎称是为了以后接管沦陷区进行提前准备，并反复向众军官强调，军人一定要服从命令。实际上，杜聿明的沙盘演练是为了后续管控昆明做准备，为了真正动手那一刻做了充足准备。
8月15日，日本侵略者正式宣布投降，蒋介石为了抢夺胜利果实，立即派嫡系部队到各大重要城市去接受日寇投降。为了削弱龙云的实力，蒋介石命令以卢汉为总司令的国民党第一方面军，到河内接受日寇投降。龙云按照蒋介石的命令照办，并没有想到蒋介石此举竟然是一个阴谋。事后，龙云曾多次对下属称，他并没有与蒋介石夺权，只是主张民主，就被蒋介石这个独裁者以军事突袭的方式给对付了，这简直就是流氓的手段。
9月27日，杜聿明接到蒋介石密令后，成功劝说蒋介石放弃使用飞机、大炮轰击五华山，这才放心地开始执行命令。行动开始后，杜聿明直接下达命令，让部队按照前期的沙盘演练进入昆明市区，立即就控制了昆明的主要街道，包括通信设施在内，都在短时间内接管。
杜聿明暗中的行动，被云南警察知悉，经过层层上报后，龙云才得知此事。龙云得到消息后，有些莫名其妙，他此时仍未想到会是蒋介石要对付自己，还以为中央军哗变，杜聿明造反呢。龙云当时已经被杜聿明围在龙公馆内，但龙公馆内设有一个地下通道，凭借此通道，龙云得以逃出龙公馆，脱离了包围圈后，立即赶往五华山，那里是云南行营所在，他打算到那里固守待援。
龙云抵达云南行营后，立即向远在越南的卢汉发急电，命他回云南平乱，但这封电报被杜聿明截获，并未送达卢汉手中。龙云又拨通了长子龙绳武的电话，让他前来救援。龙绳武时任独立旅的旅长，驻扎在昆明北郊，但龙云拨打电话时，龙绳武并未在旅部，接电话的人是一位夜勤参谋。参谋在电话中告知龙云，旅部所在的北较场，此时已经被中央军团团围住，旅部门口有数门大炮对着，无法出兵救援。（城内自动电话的地缆总机房设在电话局米外，并未被中央军控制，所以龙云可以拨打城内电话）。
五华山上原本有一个护卫营，但营长带兵外出执行任务，目前五华山上只有两个连的兵力。龙云无奈之下，亲自布置兵力设防，以应付中央军的强攻。龙云在侧门和后门各设置一个排的兵力守卫，又命人将一辆大卡车横在正门，其余兵力防守正门。从龙云的兵力布置来看，他此时仍认为此次军事行动是中央军哗变，还打算在五华山固守等待救援，并未有突围逃命的打算。
好在，五华山守军占据地利优势，利用居高临下的地形，多次击退中央军的进攻。杜聿明进攻受阻后，仍不知道龙云已经从龙公馆逃至五华山，但杜聿明突然想起来，自己还未将蒋介石的调任令给龙云看。想到此处，赶紧命宪兵十三团团长龙涤波带着调职令送到龙公馆。但无论他如何解释，龙云的妻子顾映秋也不肯开门，只是告诉他，龙云不在龙公馆，无法接受调职令。
龙涤波无可奈何之下，将调职令装在牛皮纸大信封中，将调职令从门缝塞进去。顾映秋是一个有文化的人，打开信封后，看到了调职令的内容，将此事通过电话告知了龙云。龙云放下电话后，这才恍然大悟，原来中央军没有哗变，杜聿明也不是造反，只是担心自己不接受调职令才围困自己。龙云生气的是，蒋介石想要让他调职，给他发一份电报即可，命自己的行营下属杜聿明带兵围困自己是什么意思？但生气归生气，对当下的境地并没有改变，一时间龙云与杜聿明进入了僵持状态。
龙云坚持守在五华山，哪里也不肯去。蒋介石给他写了一封信，命其“早日赴渝，襄赞中枢”。龙云盛怒之下，仍不肯离开，继续与杜聿明僵持。杜聿明担心事情有变，对昆明采取持续的全城戒严，市民全都躲在家中不敢外出。两者的架势，大有僵持到底的意思。龙云被困五华山，处境自然艰难，但杜聿明的日子也并不好过，随着僵持的持续，来自各方面的压力扑面而来，他作为龙云下属，却带兵围困龙云，这样的做法饱受质疑。蒋介石自知理亏，也想快点劝龙云离滇，却一直未能如愿。
随着僵持的持续，戒严多日的昆明城内引起了许多人的不满，昆明城内连日“交通停顿，水米断绝”，给百姓生活造成极大困扰，希望杜聿明尽快解开戒严，希望蒋介石体谅城中百姓。杜聿明虽然承受巨大的舆论压力，但如今龙云不肯离滇，他哪敢解除戒严，一旦事情有变，他恐怕自身难保。
蒋介石为了尽快解决此事，命何应钦前往昆明劝龙云离滇。何应钦当时正在越南河内检查受降情况，接到命令后立即乘机飞往昆明。何应钦虽然奉命前往昆明，但心里却很不舒服，抵达昆明后，刚见到杜聿明就发牢骚：
“叫你们不要胡闹，现在闹出事，弄得骑虎难下，又要我来做善后……”
杜聿明闻言默不作声，何应钦也不好继续斥责，便打算尽快解决此事。令他没想到的是，无论是他提出与龙云通话还是见面的要求，都没能得到龙云的回应。龙云压根就不接受与何应钦任何形式的沟通，没给他半点面子。何应钦尴尬至极，却又毫无办法，无奈之下，只能灰溜溜地离开了昆明。
10月5日，时任行政院长的宋子文，从重庆飞抵昆明，龙云接受了宋子文的见面请求，两人进行了一次长谈。宋子文承诺，如果龙云愿意离开昆明，前往重庆出任中央军事参议院院长，一定会保证他的人身安全。龙云答应了宋子文，与他一道离开昆明。蒋介石虽然没有伤害他的性命，却将他软禁起来。
龙云对蒋介石表示，想要调整自己的职务，只需蒋介石一个电报即可，杜聿明不将调职令给自己，直接率兵进攻行营，形同造反。蒋介石自知理亏，便将杜聿明以“处置不当”的罪名给撤职查办了。蒋介石此举也只是为了暂时稳住龙云，并未真的将杜聿明撤职，杜聿明也乐得替蒋介石“背锅”，因为他知道事后必然还会得到蒋介石重用，两人一唱一和，让龙云再无话可说。
年，国民党政府迁回南京，龙云也被带往南京，软禁在中央路号的一处洋房里。为了监视龙云的一举一动，国民党特务可谓是煞费苦心，他们专门在龙云居住的洋房对面，开了许多店铺，佯装成商人对龙云进行监视。只要龙云离开洋房，他们就会驱车跟上，片刻也不让龙云脱离他们的视线。周恩来在此期间曾去拜访过龙云一次，蒋介石立刻就紧张起来，得到消息后，亲自找到龙云，直言不讳地问他，是否能够一起打共产党？龙云的回答也很干脆，“我只会搞国防计划，不会搞内战计划”，顿时让蒋介石哑口无言。
年12月，在共产党的全力营救下，身陷险境的龙云终于得以逃离南京。蒋介石得知龙云已经逃到香港后，勃然大怒，立即向毛人凤下令，命他将逃至香港的龙云毒杀。由于得到共产党的保护，毛人凤的毒杀计划没能成功。年，龙云病逝于北京，享年78岁。